Большие контрасты рельефа — от низменностей до снеговых гор — обуславливают вертикальную зональность климата, почв, растительности. На низменных северо-восточной и восточной окраинах Австрии климат умеренно-тёплый (средняя температура июля в Вене около + 19, января — 0). Тепла достаточно для вызревания винограда, засухи случаются редко. Вверх по долине Дуная влажность повышается, виноградники исчезают, но и здесь ещё довольно тепло и солнечно. В жаркие летние месяцы начинается бурное таяние снегов в горах, что приводит к большим паводкам, в том числе и на Дунае, уровень которого поднимается иногда на 8 — 9 м.
Альпы, поднимаясь на пути влажных западных воздушных течений, являются крупным конденсатором влаги, и на карте осадков они отчётливо выделяются по сравнению с соседними равнинными районами. Особенно много осадков получают северные и западные окраинные хребты, где выпадает от 1500 до 3000 мм в год и преобладает туманная и облачная погода. Внутренние хребты и замкнутые долины и котловины получают значительно меньше влаги (менее 1000 мм). Наибольшее количество осадков выпадает до высоты 1500—2000 м, где лежит зона максимальной облачности. Выше этой зоны погода бывает сухой и ясной.
На склонах Альп отчётливо выражена высотная климатическая поясность, проявляющаяся в переходе от тёплого умеренного и даже субтропического климата южных предгорий к умеренно холодному и суровому высокогорному климату верхних частей гор с частыми морозами, метелями, снегопадами и мощным оледенением. Характерны различия в климатических условиях склонов разной экспозиции, замкнутых долин и котловин. Последние имеют климат с отчётливо выраженным континентальным оттенком, зимними инверсиями температуры и меньшим количеством осадков.
В зимнее время в Альпах накапливается огромное количество снега. В некоторые годы его бывает так много, что альпийские перевалы становятся недоступными, и на железных и автомобильных дорогах на некоторый срок прекращается движение. Весной во многих районах сходят снежные лавины, причём лавиноопасность усиливается из-за чрезмерной вырубки лесов.
Для Альп характерны местные ветры, из них особенно большое значение имеют фёны, которые возникают в переходные сезоны в связи с разностью давлений у северного и южного склонов. На северных склонах фёны проявляются как сухие и тёплые нисходящие ветры, приносящие тепло и ясную погоду, ускоряющие таяние снегов и наступление весны, а осенью способствующие созреванию урожая. Но иногда последствия фёнов бывают катастрофическими, так как усиленное таяние снегов вызывает наводнения, обвалы и разрушения дорог.