Климат островов тропический, муссонный, на юге переходящий в субэкваториальный. Температуры на побережье 24—28° С, в горных районах прохладнее. Сезон дождей длится с ноября по апрель, когда дует северо-восточный муссон, и с мая по октябрь (юго-западный муссон).
Сухой сезон (с ноября по апрель) выражен на западе Лусона, Палавана и Висайских островов. На северные районы страны часто обрушиваются тайфуны, возможны цунами. Количество выпадающих в год осадков колеблется от 1000 до 4000 мм.
